Настоятели монастыря:
- Иоанн (XV век)
- Моисей (1676—1682)
- Иов (1689—1694)
- Иосиф (Римский-Корсаков) (1694—1699)
- Леонид (Петровский) (1711—1722)
- Сергий (Белоградский) (3 марта 1722—1731)
- Аввакум (Львов) (1731—1735)
- Пахомий (1730-е — 1750-е)
- Иоасаф (Хотунцевич) (12 мая 1757 — 17 апреля 1758)
- Лаврентий (Бакшевский) (26 июня 1816—1819)
- Евсевий (Орлинский) (31 августа 1845—1847)
- Филофей (Успенский) (22 мая 1847—1849)
- Евгений (Сахаров-Платонов) (1849 — ?)
- Сергий (Ляпидевский) (18 апреля 1858—1859)
- Григорий (Воинов) (1873—1882)
- Иосиф (Левитский) (1882—1884)
- Павел (Доброхотов) (21 октября 1897 — 23 апреля 1900), епископ
- Серафим (Голубятников) (11 мая 1900 — конец 1904)
- Иннокентий (Кременский) (1904—1908)
- Лаврентий (Некрасов) (март 1908)
- Макарий (Гневушев) (1908—1909)
- Никодим (Шатунов) (1909—1918)
- Панкратий (Гладков) (17 ноября 1923 — 1924)
- Варфоломей (Ремов) (1924—1929), архиепископ
После получения титула ставропигиальный, настоятелем монастыря является Святейший Патриарх.
Наместники монастыря:
- Меркурий (Иванов) (с апреля 2009 года до 10 октября 2009 года – настоятель; с 10 октября 2009 года — 26 июля 2012 – наместник)
- Исидор (Тупикин) (с 26 июля 2012 года — 12 марта 2013 года)
- Петр (Еремеев) (с 12 марта 2013 года по 29 декабря 2021 года)
- Евфимий (Моисеев) (с 29 декабря 2021 года по настоящее время)