Престольный праздник: 1 июля – Боголюбской иконы Божией матери.
Первый деревянный храм в честь Боголюбской иконы Божией Матери на этом месте был построен в 1382 г. по указу святого благоверного Великого князя Димитрия Донского.
В начале XVI в. на этом месте был построен деревянный храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
Каменный Боголюбский собор был построен в 1684–1690-х гг. в стиле раннего «нарышкинского (московского) барокко» по указу Петра I над могилами его дядьев Ивана и Афанасия Нарышкиных, убитых во время стрелецкого бунта 1682 г. Позже храм стал местом упокоения более 20 представителей рода Нарышкиных, в том числе деда и бабки Петра I. Вокруг храма располагается некрополь обители.
В 1812 г. храм был осквернен французами. Некоторые надгробия Нарышкиных были разбиты, убранство разграблено.
В 1924–1929 годах богослужения в храме совершались общиной Высоко-Петровского монастыря, существовавшей в те годы втайне от властей. В 1929 г. храм был закрыт. В богоборческое время надгробия из храма были вынесены, иконы из иконостаса сожжены во дворе обители, уничтожены купола и кресты. Храм был осквернен и перестроен внутри.
В настоящее время храм находится на реставрации, Богослужения в нем не совершаются. Церковная лавка, находившаяся в притворе Боголюбского храма, временно переехала в Нарышкинские палаты.
